С приетия Правилник за устройството и дейността на КПКОНПИ и на нейната администрация (ПУДКПКОНПИНА), обн. в ДВ, бр. 55 от 03.07.2018 г., изм. и доп. в ДВ, бр. 89 от 26.10.2018 г., се уреждат устройството, дейността, организацията на работа в Комисията, числеността и структурата на нейната администрация, правилата за взаимодействие и координация между административните звена, както и съставът, районите на действие и организацията на работа на териториалните ѝ дирекции.
Съгласно действащия Правилник за устройството и дейността на КПКОНПИ и на нейната администрация, администрацията на Комисията е организирана в звена, които са на пряко подчинение на председателя, и дирекции на обща и специализирана администрация.
На пряко подчинение на председателя са звената „Кабинет“; „Вътрешен одит“; „Финансово управление и контрол“; „Инспекторат“; „Връзки с обществеността“; „Международно сътрудничество“, както и Служителя по сигурността на информацията“ и Длъжностното лице по защита на личните данни.
Общата администрация на Комисията е организирана в две дирекции: „Административно-правно и информационно обслужване“ (АПИО) и „Финансово-стопански дейности и управление на собствеността“ (ФСДУС).
Специализираната администрация е организирана в шест дирекции в централна администрация: „Противодействие на корупцията“; „Координация и контрол“; „Превенция на корупцията“; „Публичен регистър“; „Конфликт на интереси“; „Управление на обезпеченото имущество“ и в 5 териториални дирекции, както следва:
- ТД София с четири отдела: ТО София, ТО Благоевград, ТО Видин и ТО Враца;
- ТД Бургас с два отдела: ТО Бургас и ТО Сливен с Изнесено работно място (ИРМ) Ямбол към него;
- ТД Варна с два отдела: ТО Варна с ИРМ Добрич към него и ТО Шумен;
- ТД Велико Търново с три отдела: ТО Велико Търново, ТО Русе и ТО Ловеч;
- ТД Пловдив с два отдела: ТО Пловдив и ТО Стара Загора.